女性非淋菌性尿道炎的特点是症状不明显或无任何症状。当被感染引起尿道炎时，约有50％有尿频、尿道灼热感或排尿困难，尿道口可发现有少许浆液样或粘液脓性分泌物，但一般无尿痛或仅有轻微尿痛的症状。有时宫颈也有炎症或糜烂，宫颈分泌物中有多数分叶型白细胞(高倍镜下每视野超过10个)。检查时发现，宫颈水肿、糜烂，白带增多，所以经常造成外阴或阴道瘙痒。前庭大腺患病的女病人，前庭大腺肿大，局部红肿，也可能形成脓肿，需要切开引流。合并有输卵管炎、子宫内膜炎、盆腔炎的病人，会出现相应的症状。
本病可有症状或无症状，亚临床感染可持续存在多年。无论有症状还是无症状，其后果同样严重。除尿道炎、眼结膜炎外，可引起其他生殖器官炎症，如宫颈炎、阴道炎、输卵管炎及盆腔炎等，最后导致不育症和异位妊娠，也可感染婴儿引起结膜炎和肺炎。
女性患者多见以子宫颈为中心扩散的生殖系炎症。多数无明显自觉症状，少数重症病人有阴道坠感，当感染扩及尿道时，尿频、尿急是引起病人注意的主要症状。感染局限在子宫颈，表现为白带增多、混浊、子宫颈水肿、充血或表面糜烂。感染扩及尿道表现为尿道口潮红、充血、挤压尿道可有少量分泌物外溢，但很少有压痛出现。
支原体感染常见的合并症为输卵管炎，少数患者可出现子宫内膜炎及盆腔炎。
