女性非淋菌性尿道炎的特点是症状不明显或无任何症状。当被感染引起尿道炎时，约有50％有尿频、尿道灼热感或排尿困难，尿道口可发现有少许浆液样或粘液脓性分泌物，但一般无尿痛或仅有轻微尿痛的症状。如不治疗，衣原体等病原生物可侵入子宫和输卵管，最后导致输卵管疤痕性疼痛，而造成女性不孕症。对于沙眼衣原体引起的尿道炎患者，即使能生育的妇女，生下来的婴儿也难免发生眼、耳部的衣原体感染而死亡。
